Une première classification des spywares peut être établie en tenant compte de leur fonction, à savoir le commerce ou le renseignement :
- les spywares commerciaux collectent des données sur leurs utilisateurs et interagissent de manière visible avec eux, en gérant l'affichage de bannières publicitaires ciblées, en déclenchant l'apparition de fenêtres pop-up, voire en modifiant le contenu des sites web visités afin par exemple d'y ajouter des liens commerciaux. Ce sont les spywares les plus courants. Leur existence est généralement mentionnée dans la licence d'utilisation du logiciel concerné, mais souvent dans des termes ambigus et/ou dans une langue étrangère, ce qui fait que l'utilisateur n'est pas correctement informé. Ils se présentent généralement sous la forme de logiciels gratuits, pour les éditeurs desquels ils constituent une source de revenu ;
- les mouchards collectent également des données sur leurs utilisateurs mais le font dans la plus totale discrétion. La surveillance et la réutilisation éventuelle des données collectées se font à l'insu des utilisateurs, généralement dans un but statistique ou marketing, de débogage ou de maintenance technique, voire de cybersurveillance. L'existence de ces mouchards est délibérément cachée aux utilisateurs. Ils peuvent concerner n'importe quel logiciel, qu'il soit gratuit ou payant, mais de par leur nature ils sont peu fréquent, le risque en terme d'image en cas de découverte et médiatisation de l'existence du mouchard par un utilisateur étant à lui seul dissuasif pour la plupart des éditeurs.
Une seconde classification peut être opérée en fonction de la nature des spywares, à savoir leur constitution logicielle :
- le spyware intégré (ou interne) est une simple routine incluse dans le code d'un programme ayant une fonction propre pour lui donner en plus la possibilité de collecter et de transmettre via internet des informations sur ses utilisateurs. Les logiciels concernés sont par exemple Gator, New.net, SaveNow, TopText, Alexa ou Webhancer ainsi que la totalité des mouchards. Le spyware et le programme associé ne font qu'un et s'installent donc simultanément sur l'ordinateur de l'utilisateur ;
- le spyware externalisé est une application autonome dialoguant avec le logiciel qui lui est associé, et pour le compte duquel elle se charge de collecter et de transmettre les informations sur ses utilisateurs. Ces spywares sont conçus par des régies publicitaires ou des sociétés spécialisées comme Radiate, Cydoor, Conducent, Onflow ou Web3000, avec lesquelles les éditeurs de logiciels passent des accords. Le spyware de Cydoor est par exemple associé au logiciel peer-to-peer KaZaA, et s'installe séparément mais en même temps que lui.
Une nouvelle tendance encore plus contestable concerne les utilisateurs du navigateur Internet Explorer. Certains spywares comme Gator cherchent à s'installer automatiquement sur le poste de l'internaute au moyen de la technologie ActiveX, lors de la visite de pages web peu recommandables.
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